home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00216 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.8 KB  |  55 lines
  1. *******************************************************
  2. * Integrins beta chain cysteine-rich domain signature *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. Integrins [1,2] are a large family of cell surface receptors that mediate cell
  6. to cell  as  well  as  cell  to matrix adhesion. Integrins recognize the R-G-D
  7. sequence in their extracellular matrix protein ligand. Structurally, integrins
  8. consist of a dimer of an alpha and a beta chain.  Each  subunit  has  a  large
  9. N-terminal extracellular domain followed by a transmembrane domain and a short
  10. C-terminal cytoplasmic  region. Some receptors share a common beta chain while
  11. having different  alpha chains.  The  sequence  of  a number of different beta
  12. chains has been determined and are listed below:
  13.  
  14.  - Integrin beta-1, which  associates with alpha-1 to form a laminin receptor,
  15.    with alpha-2 to form a  collagen receptor, with  alpha-4  to  interact with
  16.    VCAM-1, with alpha-5 to form a fibronectin receptor, and with alpha-8.
  17.  - Integrin beta-2, which  associates with alpha-L (LFA-1)  to  interact  with
  18.    ICAM-1, and with alpha-M (MAC-1) or alpha-X  (p150,95) to form the receptor
  19.    for the iC3b fragment of the third complement component.
  20.  - Integrin beta-3, which associates with alpha-IIB  to  form  a  receptor for
  21.    fibrinogen,  fibronectin,  vitronectin and VWF, and with alpha-V  to form a
  22.    vitronectin receptor.
  23.  - Integrin beta-4, which associates with alpha-6.
  24.  - Integrin beta-5, which associates with alpha-V.
  25.  - Integrin beta-6 [3].
  26.  - Integrin beta-7 [4].
  27.  - Integrin beta-8, which associates with alpha-V [5].
  28.  - The Drosophila myospheroid protein, a probable integrin beta chain.
  29.  
  30. All the integrin beta chains contain four repeats of a forty amino acid region
  31. in the C-terminal extremity of their extracellular domain. Each of the repeats
  32. contains eight  cysteines.   We have developed a pattern from a section of the
  33. repeated region that includes five of these conserved cysteines.
  34.  
  35. -Consensus pattern: C-x-[GNQ]-x(1,3)-G-x-C-x-C-x(2)-C-x-C
  36.                     [The five C's are probably involved in disulfide bonds]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Note: the pattern will not pick up the first of the four repeats, the spacing
  41.  of the cysteine residues being different in that repeat.
  42.  
  43. -Last update: December 1992 / Text revised.
  44.  
  45. [ 1] Hynes R.O.
  46.      Cell 48:549-554(1987).
  47. [ 2] Albelda S.M., Buck C.A.
  48.      FASEB J. 4:2868-2880(1990).
  49. [ 3] Sheppard D., Rozzo C., Starr L., Quaranta V., Erle D.J., Pytela R.
  50.      J. Biol. Chem. 265:11502-11507(1990).
  51. [ 4] Erle D.J., Rueegg C., Sheppard D., Pytela R.
  52.      J. Biol. Chem. 266:11009-11016(1991).
  53. [ 5] Moyle M., Napier M.A., McLean J.W.
  54.      J. Biol. Chem. 266:19650-19658(1991).
  55.